Kostel sv. Jana Křtitele stával v Mlynářích, což bylo jedno z historických předměstí Žatce. Původně gotický farní kostel byl nejprve zasvěcen sv. Janu Evangelistovi. Avšak během 16. století, když úcta ke svatým ustoupila a kostel zpustnul, se nejspíše na původní zasvěcení zapomnělo a kostel označovaný pouze jako kostel sv. Jana získal automaticky za patrona sv. Jana Křtitele. Ještě před třicetiletou válkou ztratil svoji funkci farního kostela a roku 1650 byl navíc značně poničen velkou povodní. Pohnuté osudy kostela zde přečkaly dva oltáře. Stavba však stála na samém okraji zájmu žatecké obce. Jedinou výjimku představovali zloději, kteří jej roku 1735 vyloupili. V letech 1765 až 1766 byla stavba, nacházející se ve značně zuboženém stavu, celá opravena, žatecký malíř Johann Anton Czetsch namaloval nový oltářní obraz a zároveň byl do kostela umístěn nový postranní oltář sv. Jana Nepomuckého. Osud kostelíka se naplnil v roce 1902, kdy vyhořel a poté již nebyl obnoven. Na jeho místě byla postavena tzv. Hubertova vila (dnes ulice Adolfa Heyduka).