Kostel sv. Jakuba je poprvé doložen k roku 1359. Býval centrem farnosti a v 16. století dokonce samostatného Svatojakubského předměstí, které mělo vlastního hejtmana. Po husitských válkách se hřbitov kolem sv. Jakuba stal hlavním městským pohřebištěm. Po polovině 19. století byl tento hřbitov již zcela nedostatečný, a tak zde městská rada roku 1866 zakázala pohřby a hlavním městským hřbitovem se stal nový hřbitov u kostela sv. Antonína. Na jednom z obrazů ze sbírek žateckého muzea, který namaloval v roce 1911 žatecký gymnaziální profesor Georg Richter, je bývalý hřbitov u sv. Jakuba parkově upraven a náhrobky již nejeví známky větší péče. Parková úprava zůstala bývalému hřbitovu dodnes, jen po náhrobcích není ani památky.
V 50. letech 20. století zde byl vybudován památník obětem malínské tragédie. Obec Český Malín založili roku 1870 čeští vystěhovalci z Rakovnicka, Lounska a Žatecka ve Volyňské gubernii na dnešní Ukrajině. Dne 13. července 1943 byla obec obklíčena německým vojskem, všichni obyvatelé byli nahnáni do stodol i stavení a pečlivě uzavřeni. Pak bylo vše polito benzínem a zapáleno. V Českém Malíně tak nacisté zaživa upálili 374 lidí, včetně dětí, žen a starců. Za malínské oběti se každoročně koná u pomníku tryzna. Samotný kostel je jednoduchá a poněkud nenápadná jednolodní stavba. Zvenčí si uchoval podstatnou část své gotické podoby. Ovšem výbava interiéru ho řadí mezi prvořadé žatecké památky.
Uvnitř kostela se zachovalo několik renesančních náhrobníků. Jeden z nich patří Kateřině, první manželce žateckého primátora Maxmiliána Hošťálka a jejich šesti dětem (umístěn vlevo v předsíni kostela). Na pravé stěně lodi kostela sv. Jakuba se nalézá pískovcový náhrobník patřící Ratiboru Sekerkovi ze Sedčic (zemřel 1496), který je opatřen znakem Sekerků – zkříženými sekerami. Obdobně zpracovaný je pískovcový náhrobník, který se nalézá za ikonostasem, patřící s velkou pravděpodobností Zdeňkovi Sekerkovi ze Sedčic a na Bezděkově (zemřel 1474). Ostatní náhrobníky – včetně umělecky hodnotného, pozdně renesančního epitafu s klečící rodinou donátora a výjevem zmrtvýchvstání Krista (umístěn na pravé straně lodi) - dochované v kostele se nepodařilo blíže určit.
Od konce druhé světové války slouží kostel pravoslavné církvi. Navštěvovali ho věřící z řad volyňských Čechů, kteří se ve městě a jeho okolí usadili. Ti také přivezli ze své rodné vlasti pravoslavný ikonostas, který umístili do kostela. Žatecký ikonostas, který pochází z přelomu 18. a 19. století, obsahuje čtyři základní řady ikon nad sebou. První řada (odshora) reprezentuje starozákonní proroky, druhá apoštoly, třetí výjevy z Kristova života a ve čtvrté se nalézají větší obrazy (zprava) archanděla Gabriela, Panny Marie s malým Ježíškem, Ježíše a apoštola Jakuba.
