Emil Holub se narodil 7. října roku 1847 v Holicích. V roce 1857 se celá rodina přestěhovala do Pátku nad Ohří, kde otec František Holub nastoupil jako panský lékař na statku premonstrátského kláštera. Na Pátku se začaly vyhraňovat Emilovy zájmy – s pomocí otce se cvičil v pozorování přírody a v kreslení, sám se amatérsky zabýval archeologií, sbíral přírodniny a preparoval živočichy. V roce 1858 začal Emil studovat malostranské gymnázium v Praze, ale již v prvním ročníku přestoupil na gymnázium v Žatci. Velký rozptyl Holubových zájmů se odrážel v jeho celkově nepříliš dobrém prospěchu, jiné to však bylo v přírodopisu a dějepisu se zeměpisem, což byly jeho oblíbené předměty. Když však v roce 1866 maturoval na žateckém gymnáziu, obsahovaly jeho sbírky na 300 archeologických předmětů nalezených v údolí řeky Ohře, asi 2 500 zkamenělin, kolem 800 anatomických a patologických preparátů, 1000 kusů nerostů a hornin a na 300 kusů hmyzu. Po maturitě se Emil Holub přihlásil k dalšímu studiu na lékařskou fakultu, protože povolání lékaře pokládal za nejpříhodnější pro naplnění svých plánů na cestu do Afriky.
Když mu po promoci v roce 1872 bylo nabízeno dobře placené místo, s díky je odmítl a za čtyři měsíce se vydal na svou první cestu do Afriky, kde na jejím jihu strávil sedm let. Pracoval zde jako lékař v diamantových dolech a z našetřených prostředků financoval své cesty do vnitrozemí. Zájemci se s nimi mohou blíže seznámit v cestopisu Sedm let v Jižní Africe.
Po svém návratu a nutném utřídění dovezených sbírek v roce 1879 představil své cesty na výstavě na Střeleckém ostrově v Praze. I když výstava byla úspěšná, pražské Zemské muzeum nabízené africké sbírky odmítlo. Jinou instituci, která by sbírky přijala, Holub nenašel, a tak je rozdal školám a menším muzeím. Z této doby pravděpodobně pochází africké přírodniny dříve chované v kabinetech žateckého gymnázia, z nichž do dnešních časů zbylo jen torzo, stejně jako štíty afrických domorodců dodnes opatrované v depozitáři žateckého muzea. Druhá výprava do Afriky probíhala v letech 1883 – 1887. I když nedosáhla stanoveného cíle – projít Afriku od Kapského města na sever do Darfuru, popř. do Egypta, přinesla řadu významných objevů, které Holub uplatnil při velkolepých výstavách ve Vídni a v Praze a při přednáškovém turné po Evropě a v Americe. Zážitky z druhé africké výpravy, na kterou s ním odjela tehdy osmnáctiletá manželka Růžena, popsal v cestopise Druhá cesta po Jižní Africe. Po návratu z Ameriky žil ve Vídni ve skromných podmínkách, sužován malárií a závistí odborných kruhů a znovu rozdal či - pokud byl donucen hmotnou nouzí - prodal část svých sbírek. Zemřel ve Vídni 21. února 1902 a byl pochován na vídeňském ústředním hřbitově.
Žatecké gymnázium se ke svému studentovi hlásilo a jeho skon zaznamenalo roku 1902 ve své kronice, kde Holuba titulovalo „jeden z nejproslulejších žáků žateckého gymnázia“. Nebyla to jen zdvořilostní fráze, protože vztahy Emila Holuba ke škole byly jistě vřelé, jak dokládá dar afrických přírodnin. Pro dobu nacionálních bojů přelomu 19. a 20. století takové zjištění potěší. Po Žatci tradovaná pověst o příbuzenském vztahu gymnaziálního ředitele Josefa Holluba a cestovatele Emila Holuba a z toho plynoucí nadstandardní pomoci špatně prospívajícímu studentovi se nezakládá na pravdě. Oba muži se na žateckém gymnáziu ani nepotkali, protože Josef Hollub se ujal ředitelské funkce až sedm let po Emilově maturitě.